Placée sous la tutelle technique du Ministère chargé de l’Agriculture, sous la tutelle financière du Ministère chargé des Finances et sous la tutelle de gestion du Ministère chargé du suivi de la gestion des entreprises publiques et parapubliques, la Société d’Exploitation des Phosphates du Burkina est administrée par un conseil d’administration de neuf (09) membres.