Le fonctionnement de la SEPB repose sur la Direction Générale. Elle comprend la Section de l’Administration et des Finances et la Section de la production. En effet, la société ne dispose que de seize (16) agents permanents, toutes catégories confondues, et de trente neuf (39) agents temporaires répartis entre la mine de Kodjari et l’unité de broyage installée à Diapaga dont on fait appel en cas de besoin. La faible importance du volume des activités de la gestion du personnel est due en partie au nombre très limité du personnel et au non achèvement du processus de transformation de la société.